Giannis Papathanassiou ist in Athen geboren und aufgewachsen. Im Jahre 1971 absolvierte er die DSA. Nach seinem Studium an der Athener TH als Elektrotechniker hat er sich mit dem Familienunternehmen „Papathanassiou AG Handel Technologischer Ausrüstung für Bauten” befasst.

Im Zeitraum 1982-92 diente er als Consultant des Industrieministers im Gebiet Energie, danach war er Viezepräsident im Vorstand der öffentlichen Gasgesellschaft. Parallel dazu war er Generalsekretär und Präsident der Handels- und Industriekammer von Athen.

Seit 2000 ist er Abgeordneter der rechten Partei „Nea Dimokratia”. Er diente als Staatssekräter im Entwicklungsministerium im Thema Handel und Konsument und seit 2005 im Gebiet Forschung und Technologie. Nach den Wahlen im Jahr 2007 wurde er Staatssekräter im Wirtschaftsministerium. Von Januar bis Oktober 2009 diente er als Wirtschaftsminister.

Er ist verheiratet und hat zwei Töchter.