Ο Νίκος Παπαϊωάννου αποφοίτησε από τη Σχολή το 1963 και σπούδασε Ιατρική στο Πανεπιστήμιο Αθηνών, από όπου πήρε το πτυχίο του το 1970. Το 1979 πήρε την ειδικότητα του στην Ορθοπαιδική Χειρουργική και Τραυματολογία από την Α΄ Πανεπιστημιακή Ορθοπαιδική Κλινική στο Νοσοκομείο ΚΑΤ και το 1981 έκανε διετή μετεκπαίδευση στην Ορθοπαιδική Κλινική του Πανεπιστημίου του Δυτικού Βερολίνου και στο Νοσοκομείο ENDOKLINIK του Αμβούργου. Το 1983 ανακηρύχτηκε Διδάκτωρ της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών.

Ως ειδικευμένος Ορθοπαιδικός, υπηρέτησε στο «Λαϊκό» Νοσοκομείο ως Επιμελητής Α΄ έως το 1989. Από το 1989 μέχρι το 2006 ανήκε στο ΔΕΠ της Ορθοπαιδικής Κλινικής της Ιατρικής Σχολής του Παν/μίου Αθηνών , ενώ από το 2006 στο ΔΕΠ του Εργαστηρίου Ερευνας Μυοσκελετικών Παθήσεων, του οποίου την διεύθυνση ανέλαβε από τον Ιούλιο του 2008.

Είναι μέλος σε 9 επιστημονικές Εταιρείες στην Ελλάδα και στο εξωτερικό, μέλος Εκδοτικής Επιτροπής σε 3 επιστημονικά περιοδικά, Πρόεδρος (2009) του τμήματος Ορθοπαιδικής Ερευνας της ΕΕΧΟΤ και Πρόεδρος (2008-2010) της Ελληνικής Εταιρείας Βιοϋλικών.