Ο Χαρίλαος Ιωαννίδης γεννήθηκε στην Αθήνα το 1955. Φοίτησε στη Γερμανική Σχολή Αθηνών (Dörpfeld Gymnasium) απ’ όπου και αποφοίτησε το 1972. Σπούδασε Ιατρική και Οδοντιατρική στο Πανεπιστήμιο Αθηνών. Εκπαιδεύτηκε στη Γενική Χειρουργική και στη Γναθοπροσωπική Χειρουργική στα Πανεπιστήμια του Leiden και Nijmegen της Ολλανδίας.

Εκπλήρωσε τις στρατιωτικές του υποχρεώσεις στο Πολεμικό Ναυτικό σαν Επιμελητής της Ωτορινολαρυγγολογικής Κλινικής του Ναυτικού Νοσοκομείου Αθηνών.

Παρουσίασε επιτυχώς τη διατριβή του με θέμα τις ενδοαρθρικές μεταμοσχεύσεις χόνδρου και ανακηρύχθηκε υφηγητής του Πανεπιστημίου του Nijmegen το 1987. Εκπαιδεύτηκε περαιτέρω στη Γενική Χειρουργική και στη Πλαστική και Επανορθωτική Χειρουργική στα Πανεπιστήμια της Λουβένης (Βέλγιο) και του Λονδίνου (Μεγ. Βρετανία), εξειδικεύθηκε δε στην Χειρουργική Ογκολογία Κεφαλής – Τραχήλου και στην Μικροχειρουργική. Πήρε τον τίτλο του Αναπληρωτού Καθηγητού της Χειρουργικής με γνωστικό αντικείμενο τη Χειρουργική Κεφαλής-Τραχήλου στο Πανεπιστήμιο της Λουβένης και τον τίτλο του Διευθυντού Πλαστικού Επανορθωτικού Χειρουργού (Consultant) στο Νοσοκομείο Middlessex, του Trust του Πανεπιστημίου του Λονδίνου (University College London Hospitals) και του νοσοκομείου Whittington (Λονδίνο), όπου εργάστηκε έως το 2003. Έκτοτε εργάζεται στην Αθήνα, αρχικά ως μερικής απασχόλησης και αργότερα ως πλήρους απασχόλησης, ασκώντας το πλήρες φάσμα της πλαστικής και επανορθωτικής χειρουργικής συνεργαζόμενος κυρίως με τον όμιλο ΙΑΣΩ και άλλα νοσοκομεία.

Υπήρξε ή είναι μέλος των κατωτέρω  διεθνών επιστημονικών συλλόγων και εταιρειών:

1. American Society of Maxillofacial Surgeons (Παράρτημα της American Society for Plastic and Reconstructive Surgery)
2. Belgian Medical Society (Orde der Geneesheren)
3. British Association of Plastic Surgeons (applied)
4. British Society of Head and Neck Oncologists
5. Dutch Association of Cleft Lip and Palate and Related Craniofacial Anomalies
6. Dutch Association of Oral and Maxillofacial Surgery
7. European Association of Cranio-Maxiillofacial Surgery
8. European Society of Surgical Oncology
9. Ελληνική Εταιρία Γναθοπροσωπικής Χειρουργικής
10. Ιατρικός Σύλλογος Αθηνών
11. New York Academy of Sciences
12. Royal Society of Medicine (section of Plastic and Reconstructive Surgery)
13. Παγκόσμια Ελληνική Βιοϊατρική Διασπορά.
14. Ελληνική Εταιρεία Πλαστικής, Επανορθωτικής και Αισθητικής Χειρουργικής
15. Australian and New Zealand Melanoma Trial Group

Επίσης από το 1996 είναι Fellow του νεοσυσταθέντος European Board of Maxillofacial Surgery.

Έχει συμμετάσχει σε πολλά εθνικά και διεθνή συνέδρια έχοντας παρουσιάσει περισσότερες από εκατό εργασίες. Έχει συγγράψει περισσότερα από εβδομήντα επιστημονικά άρθρα σε εθνικά και διεθνή περιοδικά καθώς και δύο βιβλία. Έχει επίσης συγγράψει άρθρα σε εφημερίδες και περιοδικά με θέμα την πλαστική χειρουργική, τον καρκίνο του δέρματος, την παθολογία του μαστού, την τραυματολογία του προσώπου κλπ. Είναι μέλος του Editorial Board του Journal of Cranio-Maxillofacial Surgery από το 1989, έχει επίσης υπάρξει περιστασιακά κριτής για διάφορα άλλα χειρουργικά περιοδικά.

Το 1988 του απονεμήθηκε το βραβείο Leibinger της Ευρωπαϊκής Ενώσεως Κρανιοπροσωπικής Χειρουργικής για τις έρευνές του στις μεταμοσχεύσεις χόνδρου.