Η Πολυξένη Στεφανίδου γεννήθηκε στην Αθήνα και είναι απόφοιτος του 1967. Σπούδασε Ιστορία και Αρχαιολογία στο Πανεπιστήμιο Αθηνών, ενώ πραγματοποίησε μεταπτυχιακές σπουδές στον τομέα της Δημόσιας Διοίκησης στη Σχολή Κέννεντυ του Πανεπιστημίου Χάρβαρντ. Εργάστηκε τρία χρόνια (1981-1983) στο Μεταφραστικό τμήμα του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου και εισήλθε στο Υπουργείο Εξωτερικών στο τέλος του 1983. Μεταξύ 1991 και 1995 υπηρέτησε στην Ελληνική Πρεσβεία στη Βόννη και μεταξύ 1995 και 1997 διετέλεσε Γενική Πρόξενος της Ελλάδας στη Φιλιππούπολη Βουλγαρίας. Μεταξύ 1997 και 1999 εργάσθηκε στη Διεύθυνση Βαλκανίων, μεταξύ 1999 και 2000 στη Διεύθυνση Βορείου Αμερικής και μεταξύ 2000 και 2004 στη Διεύθυνση Τουρκίας στο Υπουργείο. Από το 2005 έως το 2009 ήταν Γενική Πρόξενος στον Άγιο Φραγκίσκο ΗΠΑ, ενώ από το 2009 έως το 2011 χρημάτισε Πρέσβυς στις Φιλιππίνες. Το 2012 έως το Μάιο του 2013 διετέλεσε επικεφαλής της Διεύθυνσης Διμερών Οικονομικών Σχέσεων με τις χώρες της Ευρώπης, την Ιαπωνία, τις ΗΠΑ και τον Καναδά. Από τον Ιούνιο του 2013 υπηρετεί ως Πρέσβυς της Ελλάδας στο Μεξικό.